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依都市更新建築容積獎勵辦法第三條所示，都市更新事業範圍內之建築基地，另依其他法令規定申請建築容積獎勵時，應先向各該主管機關提出申請。但獎勵性質相同者，應予扣除。
所以是可以同時申請的，不需二擇一。只是獎勵性質相同而重複計算的應扣除。