設定抵押權之土地更新時，該抵押權之處理可分為所有權人參與權利變換及所有權人不參與權利變換兩種情況：
1.所有權人參與權利變換：依都市更新條例第40條規定，所有權人可與地主自行協議消滅，銀行要求於權利變換計畫核定前清償，所有權人依協議清償貸款。若所有權人不同意提前清償，且銀行要求於權利變換計畫核定前清償，則該抵押權於更新後由主管機關囑託登記機關將抵押權登記於所有權人分配之房地上，更新期間，仍應繳納本息。
2. 所有權人不參與權利變換：更新前價值高於貸款金額者，實施者依法代替所有權人將貸款金額清償(或提存)給 銀行，剩餘的金額交付予所有權人。反之，若更新前價值低於貸款金額，差額由銀行向所有權人求償。
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